Bis 1942 war unser ehemaliges Hauptgebäude ein Heim und eine Schule
für gehörlose jüdische Schülerinnen und Schüler der Israelitischen Taubstummenanstalt Berlin-Weißensee.
 
Eine Gedenktafel am Vordereingang
erinnert an das Schicksal der Kinder und Erwachsenen. 
1972 begann mit der Einweihung des Heimes für Kinder mit geistiger Behinderung die pädagogische Förderarbeit nach den gesetzlichen Möglichkeiten der DDR.
 
1973 wurde eine Tagesstätte zur Förderung von Kindern mit geistiger Behinderung eingerichtet.
 
1986 entstand eine Tagesgruppe für Kinder mit schwerstmehrfacher Behinderung.
1990 wurde die Stephanus-Schule eröffnet.
Seit dem 1. August 1993 ist unsere Schule staatlich anerkannt.
2001 wurde das Schulgebäude durch einen Anbau mit Fahrstuhl erweitert.
 
2007 wurde das neue Schulgebäude fertiggestellt. Die Investitionskosten dafür betrugen 5,4 Millionen Euro. Die RTL-Stiftung “Wir helfen Kindern” unterstützte den Bau mit 964.000 Euro, die Senatsverwaltung für Bildung, Wissenschaft und Forschung finanzierte 990.000 Euro aus dem Programm “Zukunft, Bildung und Betreuung” mit. Der Eigenanteil der Stephanus-Stiftung betrug rund 3,5 Millionen Euro.