An der Stephanus-Schule erhält jeder Schüler Musikunterricht im Klassenverband. Das beinhaltet Singen, Musizieren mit Instrumenten, Musik hören und sich bewegen zu Musik/Tanzen. Die Schülerinnen und Schüler haben die Möglichkeit, Musikinstrumente auszuprobieren und in Kleingruppen zu erlernen. (Ukulele, Gitarre, Bass, Schlagzeug, Trommeln).
 
Es gibt basale Musikangebote im Einzelunterricht.
 
Musikalische Projekte, die Arbeitsgemeinschaft Musical, der Schulchor und die Schüler-Band bieten die Möglichkeit zur klassen-, stufen- und altersübergreifenden Integration.
 
Die Schülerinnen und Schüler präsentieren ihre Ergebnisse vor Eltern und Gästen, z.B. beim Schulfest, bei Chorauftritten im Gottesdienst und im Altersheim. Die Schülerband nimmt u.a. am Bandfestival der Förderschulen teil. Die Auftritte tragen zur Sichtbarkeit der Schule in der Öffentlichkeit bei.